Hai vấn đề lâu nay khiến DN hay bàn cãi về SHTT là việc chuyển giao công nghệ, mua bán thiết bị, máy móc - có bao gồm các đối tượng sáng chế, kiểu dáng công nghiệp (mẫu mã); và những vấn đề nảy sinh trong quá trình xác lập và bảo vệ quyền đối với Sáng chế, Giải pháp hữu ích, Nhãn hiệu, Kiểu dáng, Tên thương mại… 

Theo ông Trần Quốc Thắng, Thứ trưởng Bộ Khoa học-Công nghệ,trong hai vấn đề trên, hoạt động đăng ký bảo hộ các nhãn hiệu và kiểu dáng công nghiệp là tăng mạnh. Đây cũng là lĩnh vực có số lượng đơn đăng kí trong nước nhiều gấp đôi so với số lượng đơn nước ngoài (năm 2004 có 10.641 đơn Việt Nam và 4.275 đơn nước ngoài). Việc đăng ký nhãn hiệu được coi là một thủ tục đơn giản với chi phí hợp lý, cho kết quả nhanh hơn và có hiệu quả ngay lập tức về bảo vệ thị trường và vị thế cạnh tranh.

Còn các vấn đề tranh chấp về SHTT thời gian qua, thì tranh chấp về kiểu dáng công nghiệp là phức tạp nhất. Điển hình là vụ tranh chấp “ballet nhựa” giữa Công ty Nhựa Sài Gòn với DN nhựa Đại Đồng Tiến; hay vụ tranh chấp kiểu dáng “võng xếp” giữa Duy Lợi với một số DN khác tại TP.HCM.

Nhãn hiệu cà phê Trung Nguyên và võng xếp Duy Lợi đều đã thắng kiện ở Mỹ và Nhật về quyền bảo hộ cho sản phẩm của mình.Ông Đặng Lê Nguyên Vũ, giám đốc công ty Cà phê Trung Nguyên phân tích: “Các doanh nghiệp thực sự coi trọng vấn đề bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ và chấp nhận đầu tư, chắc chắn vị thế cạnh tranh của doanh nghiệp sẽ được nâng lên rất nhiều”. 

Ông Lâm Tấn Lợi, Giám đốc doanh nghiệp tư nhân võng xếp Duy Lợi  cho rằng, bài học lớn rút ra từ vụ kiện này không chỉ cho riêng Duy Lợi, đó là phải đăng ký bảo hộ ngay cho sản phẩm mà công ty sản xuất ra. Một khi nhiều doanh nghiệp trong nước hiện nay chưa xem sở hữu trí tuệ là tài sản lớn, những vụ kiện liên quan đến bảo hộ sáng chế có nhiều khả năng xảy ra.

Tuy nhiên, việc thực hiện bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ cho các doanh nghiệp vừa và nhỏ ở Việt Nam cũng gặp một số khó khăn, bất cập. Đầu tiên là sự trở ngại trong việc tiếp cận các thông tin về sở hữu trí tuệ và sử dụng dịch vụ hỗ trợ phát triển doanh nghiệp cũng như không đủ kinh phí dùng dịch vụ soạn thảo sáng chế và tiến hành thủ tục xác lập quyền. Nói ngắn gọn là thiếu các nguồn lực để đầu tư vào hoạt động nghiên cứu và phát triển để từ đó thương mại hóa các sản phẩm được bảo hộ sáng chế độc quyền.

Theo ông Trần Quốc Thắng, hiện nay, các cơ quan sở hữu trí tuệ ở cấp tỉnh thuộc sự quản lý của các sở KH&CN, vừa thực hiện chức năng quản lý nhà nước vừa cung cấp các dịch vụ công như cung cấp thông tin, đánh giá, tư vấn về sở hữu trí tuệ nói chung, các thủ tục thu nhận, quy trình đăng ký và tổ chức các hội thảo, đào tạo. Tuy nhiên, chỉ có một phần nhỏ trong số cơ quan này hoạt động chủ động, tích cực, có năng lực và kinh nghiệm. Phần nhiều các nhà cung cấp dịch vụ công ở địa phương vẫn thiếu hụt về nguồn lực và các nhân viên được đào tạo chuyên nghiệp, có trình độ cao.

Khó khăn thứ hai thể hiện ở chính bản thân các doanh nghiệp. Đó là tâm lý chưa coi trọng giá trị của quyền sở hữu trí tuệ. Điều này xuất phát từ thực tế là trong nhiều năm qua, sự xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ ở Việt nam và các quốc gia trong khu vực ASEAN đã trở nên phổ biến. Sự có mặt của sản phẩm sao lậu giá rẻ thường là một yếu tố quan trọng thu hút nhiều khách du lịch đến khu vực này. Thực trạng này đã củng cố một nhận thức được chấp nhận khá rộng rãi cho rằng việc bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ là một sự lãng phí thời gian. Đối với bản thân các doanh nghiệp, do hạn chế về vốn nên thường chỉ đầu tư vào phát triển sản xuất kinh doanh chứ chưa dành sức để phát triển và bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ và khai thác quyền sở hữu trí tuệ làm nguồn lực kinh tế. Các nghiên cứu về doanh nghiệp vừa và nhỏ cho thấy sở hữu trí tuệ không phải là yếu tố được xem xét trong kế hoạch kinh doanh.

Ngoài ra, doanh nghiệp còn thiếu đầu tư vào hoạt động nghiên cứu và phát triển, để từ đó thương mại hoá các sản phẩm được bảo hộ sáng chế độc quyền. Doanh nghiệp cũng không nhận thức được ý nghĩa hay giá trị của việc đăng ký các thủ tục xin cấp patent (bằng sáng chế).